Secara institusi SD 4 Wonosobo berdiri pada tahun 1942. Pada waktu itu belum memiliki gedung sendiri, namun karena banyaknya peserta didik di Kabupaten Wonosobo khususnya di Kecamatan Wonosobo yang perlu mendapatkan layanan pendidikan, didirikanlah sekolah dasar yang sekarang bernama Sekolah Dasar Negeri 4 Wonosobo. Ketika itu gedung yang digunakan untuk KBM adalah bangunan bekas klinik buatan Belanda yang letaknya bersebelahan dengan asrama tentara yang kini menjadi asrama kodim 0707 Wonosobo.
Selama rentang waktu kurang lebih 36 tahun perjalanan panjang SD 4 Wonosobo mengalami 3 kali pindah tempat belajar. Tempat pindah terakhir untuk kegiatan KBM sebelum memiliki gedung sendiri menempati gedung sekolah peninggalan Belanda di SD 1 Wonosobo, sebanyak 6 lokal dibagi menjadi dua, sebelah barat digunakan untuk belajar peserta didik SD 4 Wonosobo, sebelah timur digunakan untuk kegiatan belajar peserta didik SD 1 Wonosobo.
Pada tahun 1978 SD Inpres pertama kali didirikan di Kabupaten Wonosobo adalah SD 4 Wonosobo. Berawal dari sinilah segala sesuatu yang berkaitan dengan manajerial dan administrasi mulai tertata.
Seiring berjalannya sang waktu SD 4 Wonosobo kini menjadi sekolah dasar yang tangguh dan berprestasi, sebelumnya memang SD yang dianggap biasa-biasa saja, namun karena pengelolaan oleh Kepala Sekolah yang terus berimprovisasi maka SD 4 Wonosobo tumbuh dan berkembang mampu mengimbangi tuntutan perkembangan jaman.
Tidak sedikit prestasi kejuaraan yang telah diraih dari tahun ke tahun, baik tingkat Kecamatan, Kabupaten, Propinsi bahkan sampai tingkat nasional, semua itu didapatkan karena kerja keras dan dedikasi Kepala Sekolah, guru dan staff yang bertugas di SD 4 Wonosobo.
Pertengahan Tahun Pelajaran 2004/2005 SD 4 Wonosobo ditunjuk sebagai sekolah dasar penyelenggara Rintisan Pendidikan Inklusif untuk Kabupaten Wonosobo, sudah tentu tanggungjawab yang dipikul semakin berat dan semakin besar tantangan-tantangan yang dihadapi, tetapi itu semua tidak membuat redup semangat juang para guru dan staff, sebaliknya lebih memacu mereka dalam melayani siswa-siswi yang beragam model dan karakter dan tentunya juga semakin merangsang guru dan staf untuk lebih banyak belajar tentang pelayanan pendidikan secara luas.
Siswa inklusi atau lebih sering disebut ABK ( Anak Berkebutuhan Khusus ), selain dihuni oleh siswa tuna grahita dan slow learn juga melayani siswa yang memiliki kecerdasan istimewa ( CI ) dan berbakat istimewa ( BI ) atau siswa akselerasi, siswa yang memiliki tingkat IQ minimal 130.
Sampai saat ini SD 4 Wonosobo masih terus mencoba terobosan-terobosan baru dalam dunia pendidikan guna melayani siswa-siswi yang beragam seperti yang telah disebutkan di atas. Berbagai upaya dilakukan demi tetap terselenggaranya pendidikan bagi anak-anak berkebutuhan khusus.
